古巴地区限量版雪茄估计是争议最大的一类版本了，每次和朋友聊起不同类型的雪茄，古巴地区限量版总是不能统一归类，事实也是如此。古巴地区限量版雪茄的品质千差万别，有感受很好的，也有感受算差的，大部分感受也就常规版本雪茄多了一个地区标。古巴的地区限量版雪茄计划从2005年开始，一开始就是利用当时17个本地和多本地品牌进行发布。这些地区版本雪茄都是限量生产的雪茄，专为区域市场制造，范围可以从特定国家到地理区域。例如太平洋是哈伯纳斯亚洲最大的代理商，可以发行亚太地区版，也可以发行中国地区版等等。地区限量版采用两个标签，一个是品牌的标准标签，一个是地区标签。同时地区限量版制定了一系列要求，要求所有的地区限量版本雪茄必须使用现有产品系列中的尺寸，同时不能直接使用该品牌现有常规产品。另外把能推出地区限量版本的品牌做了规定，所有的全球品牌和利基品牌不能推出地区限量版本，因为这些品牌在全世界发售，不能由某个经销商来独家发售这些品的某个产品。所以类似高希霸、蒙特、帕塔加斯、罗密欧与朱丽叶、好友、乌普曼等等这些极为知名的品牌都没有地区限量版。

地区版雪茄在古巴雪茄中是一个非常特别的类型，因为地区版本雪茄的发起者是哈伯纳斯的区域代理商，而不是哈伯纳斯，其他雪茄版本都是哈伯纳斯官方发起的，由哈伯纳斯完整统筹的。哈伯纳斯采用的是区域代理商的方式，一个大代理商独家代理了某些区域的雪茄销售，这些代理商有大有小，各自负责自己区域的销售。所有的代理商都可以发起生产所代理地区限量版雪茄的要求。代理商需要选择古巴雪茄工厂、选择雪茄品牌，同时要确定雪茄的口味、名字包装等等。还要设定生产规模和销售策略，例如有的代理商会将地区限量整合到旅游产品里面。

之后代理商会把这个地区版本的申请提交给哈伯纳斯，接下来就是等待批复，这个过程长达数年，也就是从提交申请到正式推出很有可能要经过几年，特殊情况也有可能很快，例如2017年太平洋雪茄创始人邓永锵爵士去世，为了纪念邓永锵爵士，迅速推出了一款潘趣邓爵士香港地区限量版。代理商的申请如果批准了，地区限量版雪茄就会推出，一般这款雪茄两年内的所有权是归这个地区经销商所有，代理商承担发行成本。一些经销商会选择在第二年补充发行。再发行的雪茄除了会标注上“再发行”的说明之外，和之前一年发行的限量版雪茄完全一样。两年之后哈伯纳斯有权将其纳入常规组合。

古巴地区限量版雪茄确实也出过不少特别的雪茄，例如玻利瓦尔2008北京奥运会、2009年潘趣金色特别鱼雷、2011年发行的玻利瓦尔中国古巴建交纪念瓷罐等等。可是由于古巴地区限量版并没有统一的标准，不管是每年发行的款型数量、每年可以发行的品牌、每年发行的地区、发行的雪茄数量等等都没有统一的标准，例如2009年、2011年、2022年都发行了24款不同的地区限量版雪茄，最早的2005年只有五款，2012年也只有九款，2019年就更少，只有雷蒙阿隆腓尼基贸易40周年一款地区限量版雪茄。地区限量版雪茄成为古巴雪茄特别版本类别中数量最多，品质最参差不齐的一类。